柠檬冷库是比较常见的保鲜冷库，柠檬在保鲜冷库中可以储存几个月的时间，储存温度在0-10℃，可以有效降低细菌滋生率，减缓新陈代谢速度，从而提高保鲜期，是种植柠檬以及经销商常用的保鲜冷库。

柠檬在柠檬冷库中贮藏温度为0-10℃，相对湿度为85%-90%，这是柠檬保鲜贮藏条件，可高效率保持原本果实的品质，可让果实在反季节销售带来更好的价值。

柠檬气调保鲜冷库是在普通的保鲜冷库基础上增一个气体制造控制系统来控制保鲜冷库内空气的比例。如氧气、二氧化碳的成分等，减慢果实的呼吸，从而减少果实的耗能，延长其果实的保鲜时间和货架销售时间。柠檬在气调保鲜冷库贮藏氧气控制在：5%-10%。如果氧气成在下低于3%的情况下贮藏一些日子会对柠檬产生不好的影响，至果实变味；当氧气高于10%人含量时，会直接导致柠檬出现腐烂和减少酸味。二氧化碳可以抑制绿色柠檬退色，如果长时间气调保鲜冷库贮藏的柠檬还可以加深柠檬果实的颜色，从而可以降低柠檬酸的含量。 

冷库贮藏将采下的柠檬果用木箱包装运输至冷藏库，预冷至10℃，挑选无病虫害、无机械伤、无腐烂的柠檬果用于贮藏。用0.01毫米厚的高密度聚乙烯膜或0.02毫米厚的低密度聚乙烯膜制成小包装袋，将柠檬单果装入，拧紧袋口，放入包装箱内。将包装箱在库内堆码成垛。垛间要留有空隙以利通风。

柠檬贮藏要注意病害，如柠檬腐烂主要是真菌引起的败坏，无生理腐烂。柠檬的青霉病、绿霉病多发生于贮藏3个月之后；柠檬的蒂腐病发生于贮藏结束时。可用杀菌剂在柠檬果实贮藏前进行处理。

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